嘉興市公共交通有限公司內設職能部門：

辦公室:  1.負責公司行政辦公室日常工作。2.負責文秘、檔案、保密、宣傳、輿情管理、后勤保障、法律事務管理等工作。

黨群人事部：1. 負責公司黨總支辦公室日常工作。2.負責黨建和群團工作。3.負責人力資源和薪酬管理工作。4.負責公司工會工作。5.負責公司紀檢工作。6。協助做好公司監事會工作。

營運安全部： 1.負責公司營運生產管理、市場化運營工作。2.負責公司安全生產、應急管理工作。3.負責公司服務質量管理工作。4.負責政務、服務熱線、信訪（投訴）的受理回復工作。（下設數字中心，負責安全監控、營運調度、服務熱線相關工作）。

機務信息部： 1.負責落實公司車輛、燃料（能源）、配件、車間設備等采購及委托修理實施全過程的綜合管理。2.負責新能源車輛技術對接工作。3.負責智慧公交的開發、應用、維護等工作。4.負責公司數字化管理所需的保障工作。

財務內審部：1. 負責公司日常財務管理、會計核算及分析工作。2.負責公司財產物資的監督管理工作。3.負責成本規制運用監管工作。4.負責企業內部審計工作以及各項企業審計的協調工作。5.負責IC 卡辦理中心、票務中心的日常管理工作。（下設IC 卡辦理中心、票務中心）

資產管理部：1.負責公司資產、資源的綜合開發、經營、管理工作。2.負責公司場站等基礎設施項目建設和維護工作。3.負責公司招投標、合同管理工作。

嘉興市公共交通有限公司下設分公司：

一公司、二公司、三公司、四公司、五公司、車輛維修公司、九水巴士有限公司、公共自行車公司